Wie alle Musikinstrumente benötigen jedoch auch Blasinstrumente regelmäßige Pflege. Insbesondere Holzblasinstrumente besitzen eine sehr feine Mechanik, die einer relativ starken Beanspruchung ausgesetzt ist. Daher sollten sie einmal jährlich fachkundig inspiziert und in gegebenem Fall gewartet werden. 

In den ersten 5-10 Jahren nach Kauf einer neuen Querflöte ist eine Generalüberholung oder umfangreiche Reparatur bei guter Pflege und jährlicher Wartung des Instruments in der Regel nicht nötig. 

Im Rahmen der jährlichen Wartung reicht es vollkommen aus, Korpus und Mechanik zu reinigen, bei Bedarf nachzupolieren, die Mechanik zu justieren und zu ölen sowie bei Bedarf Materialien wie Korken, Filze oder die Membrane an machen Polstern zu erneuern.